Afyon’da doğan Prof. Dr. Cengiz Köksal ilkokul eğitimini Afyon’da tamamladı. Ortaokul ve lise eğitimini Özel Darüşşafaka Lisesi’nde dönem 1. olarak tamamladı. İstanbul üniversitesi, İstanbul Tıp Fakültesinden 1992 yılında doktor olarak mezun olduktan sonra aynı yıl İstanbul Üniversitesi, Cerrahpaşa Tıp Fakültesinde Kalp ve damar cerrahisi ihtisasına başladı.